大木（おおき）先生が杭瀬村（くいせむら）から忍術学園にラッキョを届けにやって来た。野村（のむら）先生は、ライバルの大木先生にからかわれた上に、部屋に大嫌いなラッキョを持ちこまれ大激怒。反撃を開始する。

休日、ランニングに出た乱太郎（らんたろう）は、途中で一年い組の彦四郎（ひこしろう）に呼び止められる。彦四郎は、優秀ない組の中で、自分が存在感のない学級委員長だと悩んでいた。そんな時、二人は忍術学園出身の元天才忍者と出会う。

五年生の久々知（くくち）と竹谷（たけや）は、互いに六年生がいない委員会のリーダーとして苦労していた。同じ境遇に意気投合した二人。最近、豆腐料理を作るのにこっている久々知は、竹谷に豆腐料理をごちそうすると申し出、喜ぶ竹谷だったが・・・。

オニタケ忍者隊の首領・春巻行者（はるまきぎょうじゃ）のもとで、火薬の研究をしている、早すぎた天才（はやすぎたてんさい）は、ホウキタケ忍者の抜け忍。ホウキタケ忍者に襲われる悪夢に悩まされていたため、金楽寺（きんらくじ）で修行することになる。

乱太郎（らんたろう）が家に帰ると、牡丹（ぼたん）と利梵（りぼん）が来ていた。二人の父親は超ドケチの抜天坊（ばってんぼう）。二人はボロボロの服を買い替えてくれないのに困っていた。乱太郎と乱太郎の母ちゃんは、作戦を立て抜天坊の屋敷へ向かう。